Хришћанске богомоље на подручју Ниша постојале су још у периоду најранијег хришћанства (II - IV vek). На терену рановизантијске метрополе Јагодин мали откривене су четри хришћанске цркве. Потпуније је истражена једино већа, тробродна базилика са једном апсидом и нартексом код Моста младости.
БАЗИЛИКА СА МОРАТОРИЈУМОМ КОД МОСТА МЛАДОСТИ
Потиче из периода V-VI века, и може се сматрати најстаријим црквеним објектом на простору Ниша. На њену западну страну прислања се пространа крипта, са основом правоугаоног облика и дубоким нишама, из које се степеницама улазило у нартекс базилике. Базилика је била живописана
ЕПИСКОПСКА ЦРКВА СВ. ПРОКОПИЈА
Према историјским подацима, у Нишу је крајем XI века постојала, за оно време импзантна, епископијска црква Св. Прокопија, у којој су се чувале мошти тог палестинског мученика из времена цара Диоклецијана. Тачна локација и изглед цркве нису познати, јер њени остаци нису сачувани, иако постоји низ података о њеном постојању и у XIII веку.
СТАРА ЦРКВА СВ. ПАНТЕЛЕЈМОНА
Из XII века, према археолошким налазима била је недалеко од постојеће цркве посвеђене истом свецу. Према писању Стефана Првовенчаниног, храм је изградио његов отац Стефан Немања и по свему, испред ове задужбине дочекао Фридриха I Барбаросу.
Изнад села Горњи Матејевац, на брду званом Метох, налази се најлепша стара грађевина Ниша и Нишавља, црква Св. Тројице Русалије, познатија као "Латинска црква". Изграђена је по налогу локалног достојанственика у првој половини XI века, у време обнове византијске власти на овим просторима. Од XVI века су је за своје потребе користили Дубровчани (за локално становништво Латини), по чему је у народу добила име. Обновљена је осамдесетих година овог века. У непосредној близини налази се и манастир Св. Јована, такође из Немањичког периода.
ЦРКВА СВ. АРХАНЂЕЛА МИХАЈЛА
Mали
саборни храм, (Стара црква) подигнут је 1819 године на месту раније цркве
која је изгорела за време чуме 1813. године. Црква је једнобродна, правоугаоног
облика, укопана, без прозора, са сводом и галеријом дрвене конструкције. 1839.
године дограђен је и отворени трем са стубовима и аркадама.